گرومکس: تفاوت بین نسخه‌ها

نسخهٔ ‏۲۶ مهر ۱۳۹۴، ساعت ۰۷:۴۸

گرومکس (به انگلیسی GROMACS مخفّف GROningen MAchine for Chemical Simulations)، یکی از مهم‌ترین مجموعه نرم‌افزارهای دینامیک مولکولی برای شبیه‌سازی دی‌ان‌ای‌ها، لیپیدها و نوکلئیک‌اسیدها و سنجش میزان پایداری سامانه‌های شیمیایی مبتنی بر متن است که با پروانهٔ جامع همگانی گنو، به‌صورت آزاد در دسترس همگان قرار دارد. این نرم‌افزار، ابتدا توسّط تیمی از گروه آموزشی بیوفیزیکال‌شیمی دانشگاه گروننگن هلند توسعه داده می‌شد، ولی امروزه توسّط جامعهٔ نرم‌افزار آزاد توسعه داده می‌شود. از ویژگی‌های بارز این مجموعهٔ نرم‌افزاری، امکان استفادهٔ جداگانه و هم‌زمان از تمامی هسته‌های پردازنده و شتاب‌دهندهٔ گرافیکی است که قدرت و کارایی این مجموعه را نسبت به سایر نرم‌افزارهای آزاد و انحصاری، افزایش می‌دهد.

استفاده از تئوری‌های میدان نیرو

این نرم‌افزار از تئوری‌های مختلف میدان نیرو (Force Field) برای محاسبات شبیه‌سازی خود استفاده می‌کند. انواع تئوری‌های AMBER، GROMOS و OPLSA از جملهٔ میدان نیروهایی هستند که در نگارش ۵.۰ این نرم‌افزار موجود هستند.