گرومکس

گرومکس یا GROMACS که مختصر GROningen MAchine for Chemical Simulations است، یکی از مهم‌ترین مجموعه نرم‌افزارهای دینامیک مولکولی برای شبیه سازی دی‌ان‌ای‌ها، لیپیدها و نوکلئیک‌اسیدها و سنجش میزان پایداری سیستم‌های شیمیایی مبتنی بر متن است که تحت مجوز GNU، به‌صورت آزاد در دسترس همگان قرار دارد. این نرم‌افزار در ابتدا توسط تیمی از گروه آموزشی بیوفیزیکال‌شیمی دانشگاه گروننگن هلند توسعه داده می‌شد ولی امروزه در جامعهٔ متن‌آزاد مورد توسعه قرار می‌گیرد. از ویژگی‌های بارز این مجموعه نرم‌افزاری امکان استفادهٔ جداگانه و هم‌زمان از تمامی هسته‌های پردازنده‌های مرکزی (CPU) و پردازنده‌های گرافیکی (GPU) است که قدرت و کارایی این مجموعه نرم‌افزاری را نسبت به سایر نرم‌افزارهای آزاد و انحصاری افزایش می‌دهد.

استفاده از تئوری‌های میدان نیرو

این نرم‌افزار از تئوری‌های مختلف میدان نیرو (Force Field) برای محاسبات شبیه‌سازی خود استفاده می‌کند. انواع تئوری‌های AMBER، GROMOS و OPLSA از جملهٔ میدان نیروهایی هستند که در نسخهٔ ۵.۰ این نرم‌افزار موجود می‌باشد.